La Cátedra de Historia y Patrimonio Naval y sus miembros han recibido varios premios y condecoraciones desde su fundación. Los mas destacados son:
El Director de la Cátedra recibe la distinción del Senado de la República de Argentina denominada «Gobernador Enrique Tomás Cresto».
El Director de la Cátedra recibe la Cruz del Mérito Naval.
El Secretario de la Cátedra recibe el Premio de la Armada Española 2011 a la mejor investigación por su Diccionario de la Lengua Franca Marinera Mediterránea (2011).
El blog de la Cátedra recibió en el año 2018 uno de los Premios Armada por su contribución a la difusión de la Historia y el Patrimonio Naval.
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